Kapten Tsubasa adalah kisah penuh gairah dari seorang siswa sekolah dasar yang pikiran dan mimpinya berputar hampir seluruhnya di sekitar cinta sepak bola. Tsubasa Oozora yang berusia 11 tahun mulai bermain sepak bola pada usia yang sangat muda, dan sementara itu kebanyakan hanya olahraga rekreasi untuk teman-temannya, baginya, itu berkembang menjadi semacam obsesi.
Untuk mengejar mimpinya dengan kemampuan sekolah dasar terbaiknya, Tsubasa pindah bersama ibunya ke kota Nankatsu, yang terkenal dengan tim sepak bola sekolah dasar yang sangat baik. Tetapi meskipun ia mudah menjadi yang terbaik di kota lamanya, Nankatsu memiliki lebih banyak kompetisi, dan ia akan membutuhkan semua keterampilan dan bakatnya untuk menonjol dari kerumunan baru ini.
Dia tidak hanya bertemu dengan saingannya, tetapi juga teman-teman baru seperti gadis cantik Sanae Nakazawa dan kiper berbakat, Genzo Wakabayashi, yang memiliki gairah yang sama dengan Tsubasa, dan akan terbukti sebagai teman berharga dalam membantunya mendorong impiannya. Mewakili Jepang di Piala Dunia FIFA adalah impian pamungkas Tsubasa, tetapi dibutuhkan lebih dari sekadar bakat untuk mencapainya.